Os concellos teñen as competencias e responsabilidades legais no ámbito da protección animal. Para o Refuxio optouse por unha xestión compartida e participativa, aberta aos colectivos que traballan no ámbito da defensa do benestar dos animais ou do ecoloxismo. Finalmente, constituíuse unha Fundación. No Padroado, presidido polo Alcalde de Santiago de Compostela, ademais da representación institucional dos concellos que forman parte dela (Santiago de Compostela, Teo, Vedra, Boqueixón, Brión, Touro, Val do Dubra, Dodro, Trazo e Padrón), tamén se conta coa participación de representantes dos colectivos de protección animal e do ecoloxismo.
A actividade do Refuxio está aberta ás persoas que desexen achegar os seus coñecementos, as súas aptitudes ou as súas habilidades para mellorar a calidade de vida dos animais, así como á colaboración de empresas e entidades, sempre baixo a organización e coordinación da Fundación.
